✅Fenicios
Los fenicios de Tiro llegaron a las islas Gadeiras (Erytheia, Antípolis y Kotinousa) en torno al año 1100 a. C., fundando la ciudad de Gadir (actual Cádiz), el poblado de Doña Blanca (en lo que hoy es El Puerto de Santa María) y el Templo de Hércules Gaditano (en San Fernando). Los fenicios gaditanos mantuvieron contactos comerciales y económicos con los tartesios. El actual término municipal de San Fernando se encontraba dividido en época fenicia entre la isla de Kotinousa (en la que se encontraría el actual islote de Sancti Petri) y la isla de Antípolis (donde se situaría la actual ciudad). Durante la época de dominación fenicia se establecieron en San Fernando numerosas industrias alfareras (actividad que perduró hasta la época romana), debido a la importancia comercial y económica de Gadir. En la actualidad la ciudad cuenta con el mayor conjunto de hornos alfareros púnicos puestos en valor del mundo, destacando los Hornos Púnicos y Fenicios que se conservan en céntrica plaza de la localidad o los del museo municipal. También los fenicios se dedicaron a la explotación de salinas y de almadrabas, a la salazón del pescado (actividades que han llegado a nuestros tiempos) y a la extracción de púrpura. Y aunque no llegaron a esteblecen un poblado estable (para ello habían fundado Gadir), si que construyeron un templo, conocido como Templo de Hércules Gaditano, situado en el extremo sur de la isla de Kotinousa y en lo que hoy es el islote de Sancti Petri. Actualmente no existen restos del templo ya que fue destruido, probablemente para su uso como cantera de nuevas construcciones.

✅Cartagineses
Los cartagineses, principal potencia militar en el Mediterráneo entre los siglos VI y III antes de Cristo, llegaron a las Gadeiras en torno al año 400 a. C., para defender a Gadir de la presión de Tartessos. Pronto consiguieron derrotar a los tartesios y dominar Gadir. En San Fernando tampoco construyeron un poblado, aunque continuaron con las actividades comerciales fenicias y con la dedicación al culto del templo.

✅Romanos
Al finalizar la segunda guerra púnica, los romanos derrotaron a los cartagineses y se apoderaron de Hispania. En el año 206 a. C., las tropas de Escipión el Africano entraron en Gades sin la menor resistencia, tras el acuerdo entre los magistrados gaditanos y el lugarteniente de Escipión Lucio Marcio Séptimo. Durante la época de dominación romana, Antípois (nombre dado por los romanos a la isla de San Fernando), al igual que toda la bahía, vivió una época de esplendor y fama en todo el Imperio romano, debido a la exportación del sabroso Garum, y, en menor medida, explotaciones agrícolas, la industria de salazón de pescado y las manufacturas. Antípolis carecía de categoría jurídica y administrativa específica, por lo que se asocia con Ad Pontem (poblado situado junto al puente-acueducto, actual Puente Zuazo) o con el Ad Herculem (nombre que proviene del Templo de Hércules). El Templo de Hércules continuó siendo un lugar de culto, ahora al culto romano, a lo que se unió la faceta de centro administrativo. Cuenta una leyenda que Julio César, por entonces cuestor del pretor Cayo Antistio Veto, lloró amargamente ante una estatua de Alejandro Magno situada en dicho templo. Por aquella época se supone que existía una colosal estatua de más de veinte metros sobre en templo. Durante la guerra civil entre César y Cneo Pompeyo, el templo fue saqueado por el general del ejército pompeyano Marco Varrón, destacando tesoros como el Olivo de Pigmalión, que tras la victoria de César fueron devueltos a este. Los romanos construyeron un acueducto situado en el lugar donde hoy se encuentra el Puente Zuazo, y que abastecía a Gades de agua procedente de El Tempul.

✅Edad Media
La Edad Media es una época decadente para San Fernando, que pierde sus industrias y a la mayor parte de sus pobladores. A la caída del Imperio romano, durante la dominación visigoda y bizantina solo vivían algunas familias de pescadores. Esta época es una época de crisis para la ciudad, que permanece prácticamente desértica, en la que tan solo permanecen algunas familias de pescadores. Posteriormente, durante la era musulmana, surgieron núcleos en torno al castillo de Sancti Petri y en el Sector III de Camposoto. En 1262 el rey Alfonso X el Sabio reconquistó estas tierras, que pasaron a formar parte del Reino de Castilla.

✅Visigodos y bizantinos
Tras la caída del Imperio romano y las posteriores incursiones de los pueblos germánicos, se inicia una época de crisis y decadencia en la bahía gaditana, en especial de Gades. Tras el paso de suevos, vándalos y alanos, son los visigodos los que se asientan en la zona, aunque, como en todo el sur peninsular, tuvieron que enfrentarse con los bizantinos, que se consideraban herederos de los romanos. Los bizantinos dominaron la región desde el año 552 hasta el 620, cuando fueron expulsados por las visigodos. Durante esta época cayeron en desuso los alfares romanos y el resto de las industrias establecidas en época fenicia. Destacable es el paso por estas tierras de unos monjes misioneros, en el siglo vii.

✅Musulmanes
En la primavera del año 711 los musulmanes, comandados por Táriq ibn Ziyad, derrotaron a los visigodos en la batalla de Guadalete. Tras la victoria musulmana, toda la región pasa a su control. Esta es otra época de declive y despoblamiento en la bahía de Qadis. Durante el califato de Córdoba, la isla de San Fernando pasa a formar parte de la cora de Saduna. A la caída del califato se integra a la Taifa de Arcos, la cual se anexiona en la Taifa de Sevilla en 1069. Posteriormente, en 1091, pasa a formar parte del Imperio Almorávide. En 1147 se incorpora al Imperio almohade. Durante los siglos XI y XII se construyeron los primeros núcleos de población considerados como urbanos, uno en torno al actual castillo de San Romualdo y otro alrededor del primitivo Real Carenero. Aunque en esta era se destruye una de las reliquias que se conservaban de la época de esplendor gaditano: la enorme estatua existente sobre el Templo de Hércules Gaditano es derribada por el caudillo almohade Ben Maimun, cuando buscaba los supuestos tesoros que en él se encontraban.